La enfermedad intestinal inflamatoria (EII) y el síndrome de intestino irritable (SII) son dos de los trastornos gastrointestinales (GI) más comunes. Ambas patologías imponen una gran carga a los pacientes, perjudicando su calidad de vida, así como su capacidad para trabajar y funcionar socialmente. 

La EII, que comprende la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa, es un trastorno crónico intermitente caracterizado por inflamación intestinal. Por su parte, el SII se define como una combinación de síntomas GI, que incluyen dolor abdominal, estreñimiento o diarrea. Los pacientes con EII o aquellos con SII pueden cursar con síntomas similares, pero mientras la patogénesis de la EII consiste en la inflamación de la mucosa, la del SII aún es poco comprendida y no existe una relación anatómica causal o anormalidad bioquímica que se pueda utilizar para diagnosticarlo. 

Se presume que la microbiota intestinal desempeña un papel importante tanto en la EII como en el SII. Sin embargo, hasta la fecha, la secuenciación a gran escala de los microorganismos asociados con estas patologías en comparación con individuos sanos sólo se ha logrado usando secuenciación de genes de ARN ribosomal (ARNr) 16S de baja resolución.  

A este respecto, el objetivo de este estudio fue vincular la secuenciación previa de ARNr 16S con estudios funcionales mediante la identificación de perfiles del microbioma de intestino completo mediante un análisis metagenómico usando secuenciación de escopeta de alta resolución, analizando las cepas y especies provenientes de heces de individuos con SII o EII. 

Específicamente, se realizó un análisis caso-control usando secuenciación metagenómica de muestras de 1.792 individuos con EII y SII, estableciendo una comparación con individuos control de la población general. A pesar de la superposición sustancial entre el microbioma intestinal de pacientes con EII y SII en comparación con las personas sanas, se pudieron utilizar las diferencias en la composición de la microbiota para distinguir a los pacientes con EII de aquellos con SII. 

Por último, mediante la combinación de perfiles a nivel de especie y de cepa con las tasas de crecimiento bacteriano, funciones metabólicas, resistencia a los antibióticos y análisis de factores de virulencia, se identificaron especies bacterianas clave que pueden estar involucradas diferencialmente en estas dos enfermedades gastrointestinales comunes.