Las enfermedades infecciosas suponen una gran carga mundial para la salud humana. Existen cientos de patógenos conocidos, que difieren en su patogénesis, epidemiología y vulnerabilidad terapéutica. Además, su detección se ha acelerado, impulsada por factores ecológicos, medioambientales y sociodemográficos, así como por el aumento de la vigilancia y las pruebas diagnósticas. 

La metagenómica se utiliza para estudiar el material genético recuperado directamente de muestras ambientales o clínicas. La secuenciación revela más sobre el origen del material vivo en las muestras y su uso adquirió gran notoriedad durante la pandemia mundial como medio para vigilar rápidamente un agente patógeno.

Se ha comprobado que este método proporciona al personal médico resultados mucho más rápidos que los métodos microbiológicos tradicionales. Investigadores de la Universidad Redeemer en Canadá probaron la eficacia de su uso para identificar una variedad de patógenos en muestras de plasma recogidas de pacientes del mundo real.

En su trabajo, el equipo recibió muestras de sangre de 593 personas residentes en Nigeria, todas ellas con síntomas de alguna dolencia: a algunas se les diagnosticó fiebre de Lassa, otras se creía que presentaban etiologías infecciosas y otro grupo estaba claramente enfermo pero aún no se le había diagnosticado nada.

Al realizar pruebas, el equipo identificó 13 virus, entre ellos uno muy poco frecuente que se creía que causaba el dicistrovirus asociado a la sangre(de su sigla en inglés hbad2). También descubrió que el pegivirus C era común en personas que también estaban infectadas por la fiebre de Lassa y que su presencia en tales muestras solía ir acompañada de cargas virales menores. Algunas contenían el virus que causa la fiebre amarilla y otros que causan el mpox.

El equipo de investigación señaló que el uso de la metagenómica en lugar del enfoque microbiano tradicional también les permitió descartar ciertas infecciones víricas en algunas de las personas que habían suministrado las muestras de plasma: se descubrió que algunas de ellas sufrían intoxicación por pesticidas, no una infección vírica. Concluyen sugiriendo que su estudio demuestra la potencia y eficacia de la metagenómica y cómo probablemente se utilizará para ayudar a prevenir futuras pandemias.